Bioinformatics with Python Cookbook

Bioinformatics is an active research field that uses a range of simple-to-advanced computations to extract valuable information from biological data.This book covers next-generation sequencing, genomics, metagenomics, population genetics, phylogenetics, and proteomics. You'll learn modern programming techniques to analyze large amounts of biological data. With the help of real-world examples, you'll convert, analyze, and visualize datasets using various Python tools and libraries.This

这是一本专注于生物信息学中Python应用的实用手册。这本书由Tiago Antao编写，由Packt Publishing在2018年11月出版发行。作为第二版，这本书在第一版的基础上进行了内容的更新和优化，以满足读者对生物信息学研究的最新需求。 书中详细介绍了如何使用Python生物信息学库和应用程序进行计算生物学前沿研究的方法和技巧。这些库和应用程序包括NumPy、Pandas、Matplotlib、Seaborn、Biopython等，这些都是进行生物信息学研究的重要工具。 书中通过具体的例子和步骤，引导读者如何安装和配置这些库，如何读取和处理生物信息学数据，如何进行基因序列比对，如何进行基因表达分析，如何进行蛋白质结构预测等。这些例子和步骤都是基于实际的研究需求，具有很强的实用性和可操作性。 此外，书中还介绍了如何使用Anaconda、Docker、rpy2、Jupyter Notebook等软件包和平台，以及如何使用这些工具来处理和分析生物信息学数据。例如，书中介绍了如何使用PyVCF处理和分析VCF文件，如何使用HTSeq处理和分析NGS数据，如何使用PLINK管理